Η Γραμματεία της ΓΔΑΕΕ είναι υπεύθυνη για την γραφειοτεχνική υποστήριξη της Γενικής Διεύθυνσης Αμυντικών Εξοπλισμών και Επενδύσεων και τη διεκπεραίωση της αλληλογραφίας της. Ευθύνεται, επίσης, για τα διοικητικά θέματα προσωπικού της Γενικής Διεύθυνσης. Υπάγεται στον Γενικό Διευθυντή και λειτουργεί σε επίπεδο Τμήματος.